Durante los meses en que Dietrich Bonhoeffer estuvo en prisión, se ganó la confianza de algunos guardias y de varios reclusos mediante su labor pastoral: animaba a otros presos, alentaba a los condenados a muerte y ayudaba durante los bombardeos. Algunos guardias comenzaron a respetarlo e incluso se arriesgaron a sacar clandestinamente sus cartas y manuscritos. Gracias a esa red secreta, Bonhoeffer pudo mantener la comunicación con su familia y, más tarde, con su íntimo amigo Eberhard Bethge, quien fue escondiendo esos documentos en el jardín de la casa de la familia Bonhoeffer. Después de la guerra, Bethge los recuperó, los editó y los publicó bajo el título de «Cartas y escritos desde la prisión», obra que llegaría a convertirse en una parte fundamental del legado teológico de Bonhoeffer.
En julio de 1944, la resistencia puso en marcha la Operación Valkiria, cuyo propósito era asesinar a Hitler, tomar el poder y buscar una salida negociada con los Aliados para salvar a Alemania de una destrucción total. Bonhoeffer no tuvo conocimiento ni participación en esa operación, pues para entonces llevaba ya más de un año encarcelado.
Hitler sobrevivió al atentado de manera circunstancial y reaccionó con furia, sed de venganza y una inmediata decisión política de sacar el mayor provecho del fracaso de Valkiria. Esa misma noche habló por radio al pueblo alemán, presentando su supervivencia como prueba de que la «providencia» lo había preservado para continuar su misión, aun cuando todos los frentes de guerra se estaban derrumbando. Con ello intentaba convertir un golpe humillante en una supuesta confirmación de su legitimidad personal. Mientras pronunciaba aquel mensaje, varios conspiradores estaban siendo fusilados. Ese fue el punto de partida para que la Gestapo, la policía política de Hitler, emprendiera una investigación exhaustiva de las redes de resistencia. Miles fueron arrestados, y entre los archivos confiscados aparecieron datos que comprometían a Bonhoeffer como resistente.
La situación se volvió crítica para el pastor quien fue trasladado a una prisión ubicada en el sótano de la Policía Secreta del Estado. Allí eran recluidos perseguidos políticos, miembros de la resistencia y opositores extranjeros, sometidos a duros interrogatorios y, en muchos casos, a tortura. A partir de ese momento, Bonhoeffer quedó en aislamiento total, sin posibilidad de comunicarse con nadie y bajo la presión constante de interrogatorios intensos, acompañados de crecientes amenazas de muerte.
A comienzos de 1945, los bombardeos sobre Berlín se intensificaron y el derrumbe del Reich de Hitler se volvió irreversible. Los nazis comenzaron entonces a trasladar fuera de la capital a los prisioneros considerados sensibles. En ese contexto, Bonhoeffer fue enviado al campo de concentración de Buchenwald el 7 de febrero de ese año. Allí fue recluido en el sótano del recinto de las SS, donde confinaban a presos políticos, militares o extranjeros de alto valor para un régimen que agonizaba.
La situación en Buchenwald era catastrófica. Con el avance del ejército soviético por el este, los nazis estaban trasladando hacia allí prisioneros desde Auschwitz y otros campos. Para el momento en que Bonhoeffer llegó, Buchenwald albergaba a un número descomunal de personas sometidas al hacinamiento, el hambre, el agotamiento, las enfermedades y las ejecuciones.
En abril de 1945, la derrota alemana era ya inminente. Sabiendo Hitler que su fin se acercaba, ordenó la muerte de todos los miembros de la resistencia que aún no habían sido ejecutados. Con el frente aproximándose a Buchenwald, las SS trasladaron a Bonhoeffer al campo de concentración de Flossenbürg, más alejado de la línea de combate y donde los nazis todavía podían controlar el procedimiento de ejecución. Allí, Bonhoeffer fue sometido, sin ninguna garantía, a un tribunal militar improvisado y acelerado que lo condenó a morir en la horca por alta traición.
Un prisionero británico, que también estaba detenido en ese campo, testificó después de la guerra que Bonhoeffer fue llevado a la horca la mañana del 9 de abril de 1945 y que sus últimas palabras fueron: «Este es el fin. Para mí, el comienzo de la vida». Fue ejecutado apenas dos semanas antes de que el campo fuera liberado por las fuerzas aliadas occidentales. La muerte de Bonhoeffer no fue la derrota de su fe, sino su testimonio final de que la fidelidad al evangelio es siempre costosa.
